准备输入
粘贴 A/C/G/U 序列或上传单条 FASTA。T 自动转为 U；不支持 N、修饰碱基和多链输入。
>circRNA_sample_01 ACGUACGUACGUACGU
提交任务
任务按顺序计算。关闭网页不取消任务；可在同一浏览器的任务记录中重新打开。
保存结果
下载完整 ZIP，或单独导出 SHAPE、CSV、NPY、DBN、FASTA 和配对概率。图表支持 SVG / PNG。
环形 RNA · SHAPE 辅助折叠
从环形序列，探索 RNA 结构。
预测逐位 SHAPE 反应性，再通过 RNAfold 计算环形二级结构。
01
单条 RNA · A / C / G / U提交序列
02
排队中任务进度
0%
预测报告
预测结果
序列长度—nt
MFE 结构碱基对—碱基对
GC 含量—序列组成
MFE 能量—kcal/mol · 含 SHAPE 软约束
逐位 SHAPE 反应性
图中显示非负值；原始预测值保留在 CSV / NPY。
二级结构可视化
按真实 MFE 配对绘制茎环布局；仅为二维示意。
请使用StructureEditor微调可视化二级结构
ACGU
点击碱基查看位置；放大后可滚动查看。茎环图虚线连接 L–1，表示环形骨架闭合。
碱基配对概率
来自 RNAfold 配分函数，仅显示输出的稀疏项。
模型内配对概率不等同于实验校准的置信度。
下载结果
位置从 1 开始；完整 ZIP 包含模型与折叠参数。
查看完整运行参数
序列与 dot-bracket
本机工作区
任务记录
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本机提交的任务
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快速开始
使用指南
输入序列，查看预测，保存结果。
方法与可复现性
方法说明
神经网络预测 SHAPE，RNAfold 计算二级结构。
全循环切点聚合
对长度为 L 的序列，使用同一套微调后的 RibonanzaNet 权重预测全部 L 个循环视图；对齐回输入坐标后，逐位取算术平均。
L 个循环视图 → SHAPE 预测 → 对齐 → 均值
SHAPE 辅助环形折叠
将预测 SHAPE 的负值截为 0，作为 Deigan 软约束输入 RNAfold --circ，计算 MFE 结构与配对概率。原始 SHAPE 保留在下载文件中。
解释边界
SHAPE 是模型预测值，非实验测量。配对概率依赖折叠模型；切点方差不是校准后的不确定性。结果需实验验证。
模型版本与可复现性
- 模型
- full_mean / ALL50 · epoch 60
- 源码提交
- f47f7b72fa0d51f5ee8f0f198a7298dccf1e648e
- 权重 SHA-256
- 2a0b36f3193116e194a26a18d228b2772afcdd2e984413cba8a87fbe0113a843
启动时校验权重并严格加载检查点；每份真实结果记录模型身份、RNAfold 版本及运行参数。